Nei documenti della Visita Pastorale del card Giuseppe Pozzo bonelli del 1756 si parla di due chiese esistenti in Peregallo: quella della B V Immacolata e quella di S Antonio Abate.La chiesa dell’Immacolata è dei Padri Minimi di S Francesco da Paola di Milano, avendola ricevuta in eredità dal conte Giuseppe Saronno. Questa chiesa assumerà anche il titolo di S Francesco da Paola proprio per la presenza in Peregallo dei Padri Minimi fondati da questo santo. La chiesa di S Antonio è di proprietà dei fratelli Simonetta che verrà demolita nel 1802. Pertanto la chiesa dedicata all’Immacolata e a S Francesco di Paola avrà come titolare d’ora in poi S Antonio dal momento che è un santo più popolare verso il quale i Peregallesi esprimono tutta la loro devozione In seguito la chiesa di S Antonio fu venduta rimanendo però aperta ai fedeli. Nel 1942, mentre l’Italia era investita dal turbine della seconda guerra mondiale, si muovono i prima passi per la costruzione in Peregallo di una nuova chiesa. La vita però era molto dura e nelle famiglie non mancavano di certo i problemi. Ci si guadagnava da vivere per lo più faticando nei campi e solo pochi abitanti del paese lavoravano nella filanda, che sorgeva sulle rive del vicino Lambro, chiusa alla fine degli anni 50. In questo contesto maturò nella popolazione peregallese di allora, 800 abitanti circa, l’esigenza di avere una nuova chiesa.
Nel 1963 si ricostituisce il “Comitato pro erigenda chiesa di Peregallo’’. Si raccolgono cifre veramente consistenti, grazie anche al periodo economico favorevole (siamo negli anni del boom economico). Acquistato il terreno, si punta alla costruzione di un edificio da adibire a chiesa provvisoria, oratorio abitazione del parroco. Dopo la sosta di un paio di anni, per riprendersi dal sacrificio fatto per acquistare il terreno, il 22 settembre 1966 viene stipulato il contratto di costruzione del suddetto edificio. La cerimonia della “posa della prima pietra’’ avviene alla presenza del Card Giovanni Colombo. Nell’estate del 1967 l’edificio è pronto e con esso si è formato il nucleo da cui si svilupperà la parrocchia, il card Giovanni Colombo con decreto del 12 aprile 1967, che entrava però in vigore il 23 dello stesso mese, creava la nuova parrocchia di Peregallo, dedicandola all’Annunciazione. Nel 1977 si decide di costruire il campanile, in stile moderno che si armonizza molto bene con la struttura della chiesa parrocchiale. Completamente rinnovata nel suo interno: imbiancatura, nuova pavimentazione, apertura dei finestroni, è stata consacrata dal Card Carlo Maria Martini il 12 settembre 1992. Il 16 marzo 1977 con un decreto della Curia di Milano viene assegnata alla parrocchia di Lesmo la chiesa della frazione La Cà dedicata a San Giuseppe (costruita nel 1889); questa chiesa è però situata nel Comune di Arcore ed è di proprietà della parrocchia S Eustorgio di Arcore.